Oorspronkelijk komt de familie Rutte uit Brabant, maar in de 18e eeuw verhuisden ze naar Rotterdam. Daar begonnen ze het stokers vak te beoefenen.
Antonius Rutte verhuisde in 1830 van zijn geboorteplaats Rotterdam naar Dordrecht om in een destilleerderij te werken. Tijdens zijn dienst, experimenteerde hij met nieuwe destillaten
In 1872 kocht Simon Antonius Rutte, de zoon van Antonius Rutte, een café en achter het dranklokaal bouwt hij, in een schuurtje, een eigen distilleerderij.
In de jaren daarna is het café langzaam veranderd in een slijterij.
Vaak kwamen kerkgangers na de mis naar het café om een borrel te drinken. Na enige tijd liet Simon zijn eigen creaties proeven. Dit was het begin van de vijf generaties die Rutte & Zn tot een Nederlands begrip hebben gebracht. In 1905 nam zijn zoon Antonius Johannes Rutte het bedrijf over. Wanneer Anton op 47-jarige leeftijd overlijdt, besluit zijn vrouw het bedrijf voort te zetten.
Tijdens de Tweede Wereldoorlog was het soms lastig om aan de benodigde grondstoffen te komen. In die periode werd er voor het eerst, en voor het laatst suikerbiet gebruikt in de dranken van Rutte & Zn. In 1943 moet Johannes Rutte zijn eigen broer Anton ontslaan, omdat er in die tijd te weinig geld binnenkomt om zijn salaris te betalen.
John (Jan) Rutte, de zoon van Antonius, was al op jonge leeftijd betrokken bij het vak en ook bij de destilleerderij. In de jaren zestig behaalde hij zijn meestertitel in de destilleerkunst. John kon van allerlei producten een smaakvolle likeur of jenever maken.
In 1991 kocht een groep aandeelhouders het gehele bedrijf over, deze mannen hadden tevens wel een bewondering voor de producten van Rutte & Zn. De woonkamer van de familie Rutte, die toen boven het café woonden, is in 1998 omgebouwd tot proefkamer. Deze proefkamer is een succes, want al snel kwamen mensen uit heel het land naar Dordrecht om te kijken en te proeven.
Tussen 2008 en 2012 werd het historische pand volledig gerenoveerd omdat er in de 140 jaar dat Rutte & Zn bestaat, weinig aan het pand is veranderd. Aangezien er in al die jaren weinig aan modernisering is gedaan, werd het ook tijd om het voor het personeel wat makkelijker te maken.
Tegenwoordig worden alle jenevers, gins en likeuren die Rutte & Zn destilleert nog steeds op ambachtelijke wijze gemaakt. Inmiddels worden er ook workshops gegeven in de proefkamer waarbij je een uitgebreide uitleg krijgt hoe je zelf een likeur of jenever kunt maken.