De distilleerderij is gevestigd aan de oever van de rivier de Spey, ter hoogte van de plaats Upper Knockando. Knockando lag aan de Strathspey Railway, een spoorlijn die zeer belangrijk was voor de aanvoer van o.a. gerst en turf en de afvoer van volle vaten whisky van de verschillende distilleerderijen. Het spoor werd in de jaren zestig ontmanteld en is nu bekend als de Speyside Way, een route voor wandelaars. Knockando wordt uitgesproken als ‘nok àndoe’ en komt uit het Gaelic. Het is een verbastering van ‘cnoc an dhu’ en betekent ‘klein zwart heuveltje’. De naam voor de distilleerderij komt van het nabijgelegen Upper Knockando.
In 1898 werd er door John Tyler Thompson een distilleerderij gebouwd aan de oever van de Spey. De locatie aan de Spey was niet de belangrijkste reden om op deze plek een distilleerderij te bouwen. Het ging de gokverslaafde John meer om de waterbron die er was. Hij had wat ervaring opgedaan bij de Miltonduff-distilleerderij en was in 1893 een whiskywinkel begonnen in Elgin. Met de gedachte dat het onzin is om whisky van een ander te kopen als je het ook zelf kan maken, gaf hij de architect Charles Doig, een bekende distilleerderij-ontwerper, de opdracht een distilleerderij voor hem te bouwen.
John Thompson had de tijd niet mee want de whisky tijdperk liep ten einde en hij moest zijn distilleerderij al twee jaar na opening sluiten. In 1903 werd Knockando verkocht aan W.A. Gilbey Ltd, ginmakers uit London. Die namen hem een jaar later weer in productie en zagen de toekomst kennelijk rooskleurig in, want in 1905 werden er warehouses bij gebouwd. In 1914 was het aantal werknemers gegroeid tot veertien en de productie werd elk jaar groter, tot de Eerste Wereldoorlog uitbrak. De productie werd in 1919 weer gestart, maar bereikte nooit meer het niveau van voor de oorlog. Het wijninkoopbedrijf Justerini & Brooks vroeg W.A. Gilbey Ltd in 1952 of ze de export voor hun J&B-blended whisky wilde gaan verzorgen. Tien jaar later vormden deze bedrijven samen de firma International Distillers & Vintners, die in 1975 werd overgenomen door Watney Mann, dat op zijn beurt in datzelfde jaar opgeslokt werd door Grand Metropolitan. Door een fusie in 1998 tussen Grand Metropolitan en Guinness ontstond United Distillers & Vintners (Diageo), de huidige eigenaar.
In het huidige stillhouse staan twee wash stills en twee spirit stills, die sinds 1968 met stoom worden verwarmd. De acht wash backs zijn gemaakt van Oregon pine. Men gebruikt hoofdzakelijk bourbonvaten voor de rijping. Een klein gedeelte wordt gerijpt op sherryvaten. Dit deel wordt gebruikt voor de single malt-bottelingen.